学校科技成果丰硕，科技创新能力明显增强。2009年学校科技经费2.8亿元。“十一五”以来，承担国家三大科技计划项目数位居涉海单位之首：主持863计划项目总经费2亿元，主持863计划专题课题73项，其中国家863计划重大专项1项，项目经费约6000万元，创学校单项科研项目经费历史之最；主持国家重大基础发展规划（973）项目5项；国家自然科学基金多年在所有学部获资助，其中2009年获资助近百项，经费4000万元。“十一五”以来，学校获国家技术发明一等奖1项、国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖3项、省部级一、二等奖44项、人文社会学科省部级以上奖励25项。被SCI、EI、ISTP等收录论文4500余篇，其中2008年学校被SCIE收录论文数居全国高校第39位，按学科全国机构排名中，列农学第5位、地学第9位、生物学第18位；SCIE引用频次居全国高校第34位；截至目前，学校在地学、植物与动物学、工程技术3大学科跻身美国ESI全球科研机构排名前1%。“十一五”以来，申请发明专利487项，已授权的发明专利275项，其中国际发明专利9项。
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